一、主要区别
1、产生方式不同
保密是一种法定义务，不管当事人之间是否有明示的约定，是否签署保密协议，劳动者在职期间和离职以后均承担保守商业秘密的义务;而劳动者的竞业限制义务则是一种约定义务，则是基于双方当事人之间的约定，无约定则无义务。
2、适用对象不同
约定保密义务的义务人为由于职务或工作原因而知悉用人单位商业秘密和与知识产权相关的保密事项的劳动者，一般情况下，用人单位只应当要求涉密岗位的劳动者承担保密义务。
约定竞业限制义务的义务人是单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。
承担竞业限制义务应当以负有保密义务为前提，而负有保密义务应当以知悉用人单位的商业秘密或与知识产权相关的保密事项并且有合同约定为前提。
3、遵守方式不同
保密义务要求保密者不得泄露商业秘密，侧重的不能“说”，竞业限制义务要求劳动者不能到竞争单位任职或自营竞争业务，侧重的是不能“做”。
4、义务负担不同
保密义务劳动者承担的义务仅限于保密，并不限制劳动者的就业权，而竞业限制义务不仅仅限制劳动者泄密，还限制劳动者的就业，劳动者的负担重很多。
5、期限不同
保密义务的存在没有期限，只要商业秘密存在，义务人的保密义务就永远存在;而竞业限制则存在着一个期限，最长不超过二年。
二、不是所有人都要签保密协议和竞业限制。
竞业禁止义务是一种约定义务。竞业禁止义务来源于劳动者和用人单位在劳动合同中的约定，若在用人单位和劳动者之间不存在竞业禁止的约定，那么劳动者就不存在竞业禁止的义务。
保密义务则是一种法定义务。保密义务来源于法律的规定，我国《反不正当竞争法》第10条就侵犯商业秘密的情形作出了相应的规定。
第十条 经营者进行有奖销售不得存在下列情形：
（一）所设奖的种类、兑奖条件、奖金金额或者奖品等有奖销售信息不明确，影响兑奖；
（二）采用谎称有奖或者故意让内定人员中奖的欺骗方式进行有奖销售；
（三）抽奖式的有奖销售，最高奖的金额超过五万元。
因此，不管劳动者与用人单位之间是否存在明示的保守商业秘密的约定，劳动者在离职以后均应承担商业秘密的保守义务。
参考资料：百度百科-竞业禁止
参考资料：百度百科-保密协议
至于是不是两个都要签，是不是所有人都得签，由于描述不清，无法进行确定。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
第二十五条 除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
1.制度应用对象不同
2.制度设计的目的不同
3.期限不同
4.补偿不同
员工保密协议:就是需要保密的有公司经营信息，技术信息等，需签保密协议的有各相关技术人员，采购员，经理和相关接触以上资料人员
竞业限制：就是离开公司在多长时间不能从事相关相近的工作最长不超过二年，竞业限制人员有高级工程师，经理，高级技术员和其他有保密义务人员
